Pada perkembangannya, hingga saat ini konversi menjadi Universitas Islam Negeri (UIN), universitas memiliki 6 fakultas dengan 25 jurusan/program studi yang terdiri dari:
- Fakultas Adab dan Humaniora, dengan jurusan (a) Bahasa dan Sastra Arab, (b) Sejarah Peradaban Islam, dan (c) Ilmu Perpustakaan;
- Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi, dengan jurusan (a) Komunikasi dan Penyiaran Islam, (b) Bimbingan dan Konseling Islam,(c) Manajemen Dakwah, (d) Pengembangan Masyarakat Islam;
- Fakultas Syariah, dengan jurusan (a) Hukum Keluarga Islam (Al-Ahwal asy-Syakhshiyah), (b) Perbandingan Mazhab, (c) Hukum Ekonomi Syariah (Mu’amalah), (d) Hukum Tatanegara Islam (Siyasah Syariyya);
- Fakultas Tarbiyah dan Keguruan, dengan jurusan (a) Pendidikan Agama Islam, (b) Manajemen Pendidikan Islam, (c) Pendidikan Bahasa Arab, (d) Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah, (e) Tadris Bahasa Inggris, (f) Tadris Ilmu Pengetahuan Alam/ Fisika, (g) Tadris Matematika, dan (h) Tadris Ilmu Pengetahuan Sosial;
- Fakultas Ushuluddin dan Studi Agama, dengan jurusan (a) Aqidah dan Filsafat Islam, (b) Studi Agama-Agama, (c) Ilmu Hadis (Tafsir Hadis), dan (d) Psikologi Islam;
- Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam, dengan jurusan (a) Ekonomi Syariah, (b) Manajemen Perbankan Syariah.
- Fakultas Sains dan Teknologi, dengan jurusan (a) Matematika (S1), (b) Sistem Informasi (S1).
Selain jenjang S1 di atas, pada tahun 1994 didirikan pula jenjang Program Studi Pascasarjana (S2) dengan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor: 287 Tahun 1994 tanggal 1 Agustus 1994, disusul oleh jenjang S3 atau Program Doktor. Program studi pascasarjana yang ada di UIN Imam Bonjol Padang, terdiri dari prodi S2- Pendidikan Agama Islam, S2-Pendidikan Bahasa Arab, S2-Ekonomi Syariah, S2- Hukum Keluarga (AS), S2-Pengembangan Masyarakat Islam, S2-Sejarah Kebudayaan Islam, S2-Ilmu Hadist, S2-Ilmu Al-Quran dan Tafsir, dan prodi S3-Pendidikan Islam, S3-Hukum Islam.